Konwerter formatów cząsteczkowych

Prześlij plik z cząsteczką lub wpisz/wklej cząsteczkę w obszarze poniżej. Wybierz format wejściowy i wyjściowy i naciśnij przycisk 'Convert!'.

Cząsteczka formatu wejściowego
3 water molecule (example of xyz input) O 0 0 0 H 0 0 1 H 0 1 0
Format wejściowy
Format wyjściowy
Opcje	Centrum współrzędne Dodaj wodory Usuń wodory

Korzystanie z konwertera formatu molekularnego

Narzędzie to konwertuje dane dotyczące struktury molekularnej pomiędzy różnymi formatami plików powszechnie stosowanymi w chemii obliczeniowej i modelowaniu molekularnym. Możesz przesłać plik lub wkleić dane molekularne bezpośrednio w polu tekstowym.

Wystarczy wybrać format wejściowy, wkleić lub przesłać dane molekularne, wybrać pożądany format wyjściowy i kliknąć „Konwertuj”, aby uzyskać przekonwertowaną strukturę.

Opcje konwersji

Współrzędne środkowe

Centruje strukturę molekularną w punkcie początkowym (0,0,0). Przydatne do standaryzacji pozycji cząsteczek.

Dodaj wodory

Automatycznie dodaje atomy wodoru do struktury tam, gdzie jest to uzasadnione chemicznie. Przydatne podczas konwersji z formatów, które nie zawierają jawnie atomów wodoru.

Usuń wodory

Usuwa wszystkie atomy wodoru ze struktury. Przydatne do tworzenia uproszczonych reprezentacji lub zmniejszania rozmiaru pliku.

Przykłady wprowadzania danych

Przykład formatu XYZ

3
water molecule
O  0.000000  0.000000  0.000000
H  0.000000  0.000000  1.000000
H  0.000000  1.000000  0.000000

Pierwszy wiersz: liczba atomów, Drugi wiersz: tytuł/komentarz, Następne wiersze: symbol atomu i współrzędne x, y, z

Przykład formatu SMILES

CCO

Reprezentuje etanol: CCO z ukrytymi wodorami

Przykład formatu MOL

  Mrv2014 01012100002D          

  3  2  0  0  0  0            999 V2000
    0.0000    0.0000    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.0000    0.0000    0.0000 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.0000    1.0000    0.0000 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0  0  0  0
  1  3  1  0  0  0  0
M  END

Zawiera współrzędne atomów i informacje o łączności wiązań

Wskazówki dotyczące uzyskania najlepszych rezultatów

Upewnij się, że wybrany format wejściowy odpowiada rzeczywistemu formatowi danych
W przypadku konwersji z 2D do 3D współrzędne mogą wymagać optymalizacji po konwersji
Podczas konwersji do formatów chemii obliczeniowej należy sprawdzić ładunek i krotność
Przetwarzanie dużych struktur może zająć więcej czasu – bądź cierpliwy w przypadku złożonych cząsteczek
Niektóre konwersje formatów mogą powodować utratę informacji (np. zamówienia obligacji w formacie XYZ)
Zawsze sprawdzaj, czy struktura wyjściowa jest chemicznie uzasadniona

Ograniczenia rozmiaru pliku

Maksymalny rozmiar pliku to 1,024 KB. W przypadku większych plików rozważ podzielenie ich na mniejsze struktury lub skorzystaj z oprogramowania komputerowego.

Pełna lista obsługiwanych formatów molekularnych

Ten konwerter obsługuje ponad 100 różnych formatów plików molekularnych za pośrednictwem OpenBabel. Poniższa tabela przedstawia wszystkie dostępne formaty i ich możliwości:

Format	Opis	Wejście	Wyjście
abinit	ABINIT Output Format	✓
acesin	ACES input format		✓
acesout	ACES output format	✓
acr	ACR format	✓
adf	ADF cartesian input format		✓
adfband	ADF Band output format	✓
adfdftb	ADF DFTB output format	✓
adfout	ADF output format	✓
alc	Alchemy format	✓	✓
aoforce	Turbomole AOFORCE output format	✓
arc	Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR format	✓
ascii	ASCII format		✓
axsf	XCrySDen Structure Format	✓
bgf	MSI BGF format	✓	✓
box	Dock 3.5 Box format	✓	✓
bs	Ball and Stick format	✓	✓
c09out	Crystal 09 output format	✓
c3d1	Chem3D Cartesian 1 format	✓	✓
c3d2	Chem3D Cartesian 2 format	✓	✓
cac	CAChe MolStruct format		✓
caccrt	Cacao Cartesian format	✓	✓
cache	CAChe MolStruct format		✓
cacint	Cacao Internal format		✓
can	Canonical SMILES format	✓	✓
car	Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR format	✓
castep	CASTEP format	✓
ccc	CCC format	✓
cdjson	ChemDoodle JSON	✓	✓
cdx	ChemDraw binary format	✓
cdxml	ChemDraw CDXML format	✓	✓
cht	Chemtool format		✓
cif	Crystallographic Information File	✓	✓
ck	ChemKin format	✓	✓
cml	Chemical Markup Language	✓	✓
cmlr	CML Reaction format	✓	✓
cof	Culgi object file format	✓	✓
com	Gaussian Input		✓
confabreport	Confab report format		✓
CONFIG	DL-POLY CONFIG	✓	✓
CONTCAR	VASP format	✓	✓
CONTFF	MDFF format	✓	✓
copy	Copy raw text		✓
crk2d	Chemical Resource Kit diagram(2D)	✓	✓
crk3d	Chemical Resource Kit 3D format	✓	✓
csr	Accelrys/MSI Quanta CSR format		✓
cssr	CSD CSSR format		✓
ct	ChemDraw Connection Table format	✓	✓
cub	Gaussian cube format	✓	✓
cube	Gaussian cube format	✓	✓
dallog	DALTON output format	✓
dalmol	DALTON input format	✓	✓
dat	Generic Output file format	✓
dmol	DMol3 coordinates format	✓	✓
dx	OpenDX cube format for APBS	✓	✓
ent	Protein Data Bank format	✓	✓
exyz	Extended XYZ cartesian coordinates format	✓	✓
fa	FASTA format	✓	✓
fasta	FASTA format	✓	✓
fch	Gaussian formatted checkpoint file format	✓
fchk	Gaussian formatted checkpoint file format	✓
fck	Gaussian formatted checkpoint file format	✓
feat	Feature format	✓	✓
fh	Fenske-Hall Z-Matrix format		✓
fhiaims	FHIaims XYZ format	✓	✓
fix	SMILES FIX format		✓
fps	FPS text fingerprint format (Dalke)		✓
fpt	Fingerprint format		✓
fract	Free Form Fractional format	✓	✓
fs	Fastsearch format	✓	✓
fsa	FASTA format	✓	✓
g03	Gaussian Output	✓
g09	Gaussian Output	✓
g16	Gaussian Output	✓
g92	Gaussian Output	✓
g94	Gaussian Output	✓
g98	Gaussian Output	✓
gal	Gaussian Output	✓
gam	GAMESS Output	✓
gamess	GAMESS Output	✓
gamin	GAMESS Input	✓	✓
gamout	GAMESS Output	✓
gau	Gaussian Input		✓
gjc	Gaussian Input		✓
gjf	Gaussian Input		✓
got	GULP format	✓
gpr	Ghemical format	✓	✓
gr96	GROMOS96 format		✓
gro	GRO format	✓	✓
gukin	GAMESS-UK Input	✓	✓
gukout	GAMESS-UK Output	✓	✓
gzmat	Gaussian Z-Matrix Input	✓	✓
hin	HyperChem HIN format	✓	✓
HISTORY	DL-POLY HISTORY	✓
inchi	InChI format	✓	✓
inchikey	InChIKey		✓
inp	GAMESS Input	✓	✓
ins	ShelX format	✓
jin	Jaguar input format	✓	✓
jout	Jaguar output format	✓
k	Compare molecules using InChI		✓
lmpdat	The LAMMPS data format		✓
log	Generic Output file format	✓
lpmd	LPMD format	✓	✓
mae	Maestro format	✓	✓
maegz	Maestro format	✓	✓
mcdl	MCDL format	✓	✓
mcif	Macromolecular Crystallographic Info	✓	✓
MDFF	MDFF format	✓	✓
mdl	MDL MOL format	✓	✓
ml2	Sybyl Mol2 format	✓	✓
mmcif	Macromolecular Crystallographic Info	✓	✓
mmd	MacroModel format	✓	✓
mmod	MacroModel format	✓	✓
mna	Multilevel Neighborhoods of Atoms (MNA)		✓
mol	MDL MOL format	✓	✓
mol2	Sybyl Mol2 format	✓	✓
mold	Molden format	✓	✓
molden	Molden format	✓	✓
molf	Molden format	✓	✓
molreport	Open Babel molecule report		✓
moo	MOPAC Output format	✓
mop	MOPAC Cartesian format	✓	✓
mopcrt	MOPAC Cartesian format	✓	✓
mopin	MOPAC Internal	✓	✓
mopout	MOPAC Output format	✓
mp	Molpro input format		✓
mpc	MOPAC Cartesian format	✓	✓
mpd	MolPrint2D format		✓
mpo	Molpro output format	✓
mpqc	MPQC output format	✓
mpqcin	MPQC simplified input format		✓
mrv	Chemical Markup Language	✓	✓
msi	Accelrys/MSI Cerius II MSI format	✓
msms	M.F. Sanner's MSMS input format		✓
nul	Outputs nothing		✓
nw	NWChem input format		✓
nwo	NWChem output format	✓
orca	ORCA output format	✓
orcainp	ORCA input format		✓
out	Generic Output file format	✓
outmol	DMol3 coordinates format	✓	✓
output	Generic Output file format	✓
paint	Painter format		✓
pc	PubChem format	✓
pcjson	PubChem JSON	✓	✓
pcm	PCModel Format	✓	✓
pdb	Protein Data Bank format	✓	✓
pdbqt	AutoDock PDBQT format	✓	✓
png	PNG 2D depiction		✓
pointcloud	Point cloud on VDW surface		✓
pos	POS cartesian coordinates format	✓
POSCAR	VASP format	✓	✓
POSFF	MDFF format	✓	✓
pov	POV-Ray input format		✓
pqr	PQR format	✓	✓
pqs	Parallel Quantum Solutions format	✓	✓
prep	Amber Prep format	✓
pwscf	PWscf format	✓
qcin	Q-Chem input format		✓
qcout	Q-Chem output format	✓
report	Open Babel report format		✓
res	ShelX format	✓
rinchi	RInChI		✓
rsmi	Reaction SMILES format	✓	✓
rxn	MDL RXN format	✓	✓
sd	MDL MOL format	✓	✓
sdf	MDL MOL format	✓	✓
siesta	SIESTA format	✓
smi	SMILES format	✓	✓
smiles	SMILES format	✓	✓
smy	SMILES format using Smiley parser	✓
stl	STL 3D-printing format		✓
svg	SVG 2D depiction		✓
sy2	Sybyl Mol2 format	✓	✓
t41	ADF TAPE41 format	✓
tdd	Thermo format	✓	✓
text	Read and write raw text	✓	✓
therm	Thermo format	✓	✓
tmol	TurboMole Coordinate format	✓	✓
txt	Title format	✓	✓
txyz	Tinker XYZ format	✓	✓
unixyz	UniChem XYZ format	✓	✓
VASP	VASP format	✓	✓
vmol	ViewMol format	✓	✓
wln	Wiswesser Line Notation	✓
xed	XED format		✓
xml	General XML format	✓
xsf	XCrySDen Structure Format	✓
xyz	XYZ cartesian coordinates format	✓	✓
yob	YASARA.org YOB format	✓	✓
zin	ZINDO input format		✓

Notatka: Formaty obrazów (PNG, SVG) i formaty druku 3D (STL) służą wyłącznie do wyświetlania wyników i generują wizualne reprezentacje lub modele 3D struktur molekularnych, a nie dane współrzędne.

Wyraź opinię o działaniu naszej aplikacji.

Jak cytować?

Wybierz językDeutsch English Español Français Italiano NederlandsPolskiPortuguês Русский 中文日本語 한국어